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El directorio que se crea debe de estar en /home/usuario*/.wine aunque si mal no recuerdo en MDK 10 (no se si habrá cambiado en adelante) el directorio se creaba en algo como /usr/share/wine (lo cual era un problema porque un usuario normal no podía escribir en ese directorio, lo que yo hacia era cambiar los permisos del directorio, más que cambiar la configuración de wine), puedes usar el comando
$whereis wine
para ver si localizas los distintos directorios del programa
aunque si estó lo han cambiado en las nuevas versiones no se si se creará el directorio de wine en /home/usuario si antes no ejecutas el programa.
De todos modos decirte que, yo por lo menos, no tube que hacer nada de lo que pone en la página de Filetopia para instalarlo, mas que
$wine /ruta al ejecutable de Filetopia/instalador de filetopia.exe
y hacer una instalación normal como si de Windows se tratase.
Luego para ejecutar Filetopia, hay que ir a la carpeta .wine (donde quiera que esté) y dentro debe de haber otra carpeta llamada /dos o /drive_c o /fake_windows............
dentro de esa carpeta estará el directorio de Windows donde se habrá instalado Ftp (si no lo has cambiado durante la instalación creo que era /filetopia
desde la cual debes de ejecutar filetopia, algo como así
$wine .wine/drive_c/filetopia/filetopia.exe

En algunas distribuiciones (no era el caso de MDK 10) si dejas marcadas la opción correspondiente durante la instalación, incluso se crea el icono en el escritorio y se puede ejecutar desde el directamente con su click de ratón correspondiente.

Suerte.